牧野の公開用日誌

つっても、非公開のを別につけているわけではない。

Copyright 1999- Jun Makino

当面の予定

• 2006/10/xx UP 〆切 仮題「重力多体系と専用計算機」
• 2011/2/2 10 T2L
• 2011/2/2 15:30 領域5作業部会@文部科学省１７階研究振興局会議室
• 2011/2/3-4 本郷修士論文発表会・専攻教育会議
• 2011/2/8 10 押野君論文審査@講義室
• 2011/2/8 本郷専攻教育会議（13:30 - ）
• 2011/2/9 10 ネットワーク委員会
• 2011/2/10 16 eASIC(仮)
• 2011/2/15 10 Piet and Alf (in irc?)
• 2011/2/17 17 連携拠点運営会議
• 2011/2/20-26 あたり Princeton
• 2011/2/24 連携推進会議。欠席予定
• 2011/3/2 14:30- 情報処理学会グリーンなスパコンでグリーンな未来を創る
• 2011/3/3 14:30 汐留
• 2011/3/4 13:30 (多分)中里さん何か
• 2011/3/7-9 駒場でブラックホールな何か
• 2011/3/9 終日文部科学省何か
• 2011/3/16-19 天文学会
• 2011/3/23 領域5シンポジウム
• 2011/3/29 13- JST 何か
• 2011/6/29 JST なにか
• 2011/7/20 JST なにか
• 2011/9/9 13- 理論専門委員会
• 2012/8/15-17 Piet 研究会(tentative)
• 2012/8/20-31 IAU GA@北京

• 月曜 11 理論その他連絡会 (幹事会のあったあとの週)
• 月曜 13- 銀河形成ゼミ
• 火曜 16-17 DK 打ち合わせ(2010/4まで)
• 水曜 午前 総研大セミナー
• 水曜 13:20- 理論部コロキウム
• 木曜 10-12? CfCA 定例
• 木曜 14:30-16:30 駒場藤垣セミナー 4/23,5/7,5/21,6/4,6/25,7/9
• 金曜 午前(原則) 研究室セミナー
• 金曜 17-18? 研究室輪読セミナー
• どこ？銀河形成ゼミ
• 土曜 26-27 Dr. Knop Talks Astronomy (Popular Talk) SLURL

2011/1/31

• 2011/1/31 13 佐々木さん予行演習
  まあ、その、色々なことが、、、、

• 午後三鷹に。なんか寒い。
• 2週間くらい前が〆切な投稿論文と、多分2ヶ月くらい前が〆切な集 録原稿を書かないといけないなあと思っていたら、3ヶ月くらい前が〆切の原 稿依頼というのが回ってきたような気がしなくもない。
• 16ポートの GbE ハブが1つ死んでた。一見動いていそうに見えるんだけ ど、これつながってないべ、、、

• 休養日、でもなくて色々。メイル処理絶賛遅延中。

• 午前中はセミナー
• 午後はお休みにして運転免許更新。新宿で。

• いや、 v2df な変数一杯使った式とかブロックとかにも最適化はかか るわけで、アセンブラとはだいぶ違う、というのがまあその某先生の主張では ありますわな。なおかつ、 v2df 同士の演算なら必ず SSEベクタ命令にな るわけで。
• 午前中は定例
• 午後の記憶が、、、 F 分布の表を捜すとかしてたような。あと打ち合わせもあった。

• だいぶ回復。午前中の会議パスしました。すみません。
• 駒場でお世話になった濱田隆士先生が19日になくなられた。明日が通 夜とのことで、それ関係の色々。(といっても結局電話1つしただけ)
• 午後は大岡山に。色々相談。

• 今日も風邪
• 戦略プログラムの研究員公募出した。皆様応募のほうよろしくお願いします。
• 2011/1/25 13 連絡会@大セミナー室
• 2011/1/25 16 eASIC
• 2011/1/25 17:30 松本さん論文審査@大会議室

• まだ風邪。
• 2011/1/24-6 N体学校
• 今日〆切の書類仕事だけなんとか処理。帰ってねます、、、
• 日記に風邪という言葉がでてくる回数の分布

        7 1999
        1 2000
        3 2001
        3 2002
        7 2003
        3 2004
        7 2005
        1 2006
       11 2007
        6 2008
       13 2009
       12 2010
        3 2011
  

  何故か 2007 年以降増えてる？統計的に有意かというと微妙かな？

• 風邪。寝てた。

• 2011/1/22 G-COE「地球から地球たちへ」駒場シンポジウム「科学方法論の開拓」
• 準備したのはいいけど風邪だ、、、

• 午前中はセミナー。午後は都内某所で何か。
• 明日の準備をしないといけない。

• 午前中は定例。
• 2011/1/20 13 文部科学省何か
• 午後はそういうわけで何かの企画委員会。
• Sandy Bridge のメモコンは Nehalem に比べて素晴らしく改善されてい るわけだが、その結果として、DMARというか PCIe デバイスからの連続アドレ スのリード要求に対して連続でない順序でデータパケットを返すようになって る模様。それに対応するようにハードウェアというか FPGA の中身を書いては あるんだけど、 Nehalem ではテストできてなかったわけでちゃんとバグがあっ た、、、
• P8P67 WS Revolution、 やっぱり UD7 よかだいぶ安いのね。素晴らし い。

• 研究会2日め。
• バグ探してました。一応問題が起こることは確認。
• 一応直したけどなんかまだおかしいな、、、

• 2011/1/18-19 機構連携研究会@名古屋
• 午前中に名古屋に移動。米原過ぎると一宮あたりも真っ白。電車は14分遅れだそうで。
• なんとかシンポジウムを 1/20 に開催します、とかいうメイルがきて びっくり。企画委員会を、という話だったけどそれでもえらい急な話だ。
• 名古屋駅前というか研究会会場の目の前のホテル。なかなかよいが来月で営業終了だそうで。
• 今日の資料作ってて私は初めて気が付いたこと: Shaw って NON-VON の 中の人だったのね。
• 週末は駒場のアレだ。

  科学研究において、大きな革新は段階的に訪れる。多くの場合その革新をもたらした背景に新しい方法論の開発があった。次世代の研究者を目指す若者は、そのことを強く意識する必要がある。さもないと、たとえ研究職に就いたとしても、他者がつくったテンプレートにそった作業を繰り返すだけの凡庸な科学労働者として一生を終えることになるからだ。

• 論文1つ投稿ゴーサイン。
• なんだか事務手続きが私のところで滞ってる気が、というか天文台の書 類色々煩雑すぎ。自分のならどうでもいいんだけど、他人の給料の話だか ら、、、

• 2011/1/17 領域合同シンポジウム(理研スパコンシンポジウム)
• ぼちぼち会場に移動するか。寒そう、、、
• ホテルのネットワークが調子いいので移動したくない。いや、寒いから外にでたくないというわけではないです。
• 井上さんのプレゼンテーションがなんかすごかった。「京」がこれま での数値風洞、CP-PACS、ES とどう違うか、というのを制度、予算、政治の観 点から、みたいな。
• 会場の無線LAN がつながらなくなった、、、
• Cray-1 は 250Mflops ではないと思う、、、
• 吉川先生はまあいつもの話。
• いうまでもなく computonic というのは地球シミュレータの時に Dongarra あたりがいってた言葉。
• まあ、今問題なのは本当は通信バンド幅ではなくて通信と主記憶DRAMのレ イテンシなわけで、、、QDR 2 チャネルのカードは10万ちょい、10W くらいの 消費電力で、話としては 16GB/s と主記憶並のバンド幅があるわけです。そう いえば、何故 Mellanox のカードは 2チャネルなのに x8 なの？話としても 8GB/s しかない、、、 まあ、それにしても主記憶と比べて10倍は違わないの。
• 論文1本再チェック終了。
• FMM は岡崎さんところの話か。1000万原子とかなら PME のほうがよさそ うな気がするけど、、、まあ、FMM+PMなのかもしれない。
• 5年くらい前には中身がツリーだったような気も、、、そういえば、 ASURAも5年前に理研に渡してから結局なんの音沙汰もないな。ターゲットアプ リケーションっていう話はどうなったんだっけか。まあ、戦略プログラムの中 にははいってるわけだけど。
• 将来もずっと N³ のGS 直交化をまともにやるというのはなんだか現実的では ない気がする、、、
• どこまでやったか忘れた、、、と思いながら GRAPE-DR 用カットオフ付 き相互作用のテスト用のコードを書く。補間する区間の外では(内側も外側も) 一定値、というか r³になるようにする。そこの最大相対誤差が現在の補間 テーブルサイズで 10^-4。ふむ。
• はい、 160Mflops が普通に言われる数字だと思います。
• ありゃ、今日はホテルのネットワーク、つながるけど外にでれないぞ、、、
• ルータにアクセスすると管理画面が、、、そんなのが見えてもしょうがない。
• センター街のジュンクにいく。私が神戸に住んでた頃は地下の1フロアだ けの本屋だったような気が。5Fの本棚の高さが異常だ。
• ホテルのネットワーク直った。これで 6MB のメイルが送れる(1階事務からの資料をプロジェクトの秘書さんに転送するだけなんだけどさ)
• 許されていないはずだけどいっちゃう、というのはどうなんだろう？

• 何故か firefox (2.0.0.20) がハングしたあと立ち上がらなくなった。 ~/.mozilla/firefox を適当にリネームしてからだともちろんあがる。で、 中身を戻して、~/.mozilla/firefox/foo (foo はなんだか謎な文字列)の下の ファイルだけ(recursive でなく)コピーしたらちゃんと上がった。微妙に何か 違う気がするが、bookmarks とパスワード関係はこれで大丈夫っぽいからいい や。
• 6時現在まだ自宅で作業中の私はちゃんと神戸に今日中に行けるのか？
• 品川到着。東京に着く電車は1時間遅れくらい。指定をとったけど、今 「遅れる見込み」とアナウンスあり。
• 80分遅れの見込みだそうな。ホテルのチェックイン可能時間が 27時までとなってるので、 まあ問題はないかな。
• 浜松 8時50分
• 名古屋時点で35分遅れの見込みだそうな。今三河安城。
• 新幹線がゆっくり走ってるので、電波状態が良い。
• 名古屋 21:45
• 私の携帯電話はAC電源がないと動かないものと化している。iPhone はいやだとするとこんなのがあるのかな？
• 現時点では95分遅れ。新神戸にはかろうじて日付が変わる前に着くかもしれない。
• 米原 22:47
• というわけであと1時間。電源のある N700でよかった。
• 京都 23:24 雪降ってる。
• ホテルついた。 24:20

• 推薦書4通書いて、論文1つの本文の半分くらいを書き直して送付。これももうちょっとだ。

• 2011/1/14 JST 何か
  一日中会議。疲れた。(まだおわってないけど)
• 戦略の公募
• CfCA 研究支援員の公募

  国立天文台天文シミュレーションプロジェクト
  研究支援員公募のお知らせ
  
  自然科学研究機構国立天文台天文シミュレーションプロジェクトでは、
  下記の要領で非常勤職員(研究支援員)を公募します。
  
        身分：研究支援員 (勤務時間の全てを下記の業務に充てる職)
  
    勤務時間：週5日 (30時間)
  
        給与：経歴によって異なるが、\20万/月 程度
  
  採用予定日：平成23年4月1日
  
        任期：一年間 (平成24年3月末日まで)
              任期の更新は1度可だが、公募審査を経る。
  
    採用人員：若干名
  
  業務の内容：本プロジェクトが管轄する大規模数値シミュレーション共同利用の
              支援に関する業務。具体的には以下等に主体的に関与する。
               ・GRAPE-DR, PC クラスタの構築・運用に関する各種業務
               ・汎用並列コンピュータの運用に関する各種業務
               ・共同利用者への教育普及と質問意見対応
               ・計算機運用マニュアルなどの整備と更新
               ・共同利用研究成果の整理と広報作業
               ・新しい計算機システムの調達に関する実務作業
               ・科学技術計算ライブラリ等の整備と更新
               ・国内外研究者の計算機利用に関する支援作業
               ・その他、本プロジェクトが推進する各種業務
  
      勤務地：自然科学研究機構国立天文台三鷹地区 (東京都三鷹市大沢2-21-1)
  
    応募資格：上記業務に必要な知識と経験を有すること。
              数値シミュレーションに関する経験があることが望ましい。
              計算機(UNIX系)の管理経験を有すればなお良い。
              国外研究機関と電子メールで技術的な連絡ができ、外国人研究者と
              基本的な会話が可能であり、マニュアル等を英語で記述できる程度の
              英語力を有すること。
  
    提出書類：(1)履歴書
              (2)計算機および天文学関連分野に関するこれまでの経験を含め、
                 研究支援員としての抱負をまとめた文章 (A4で一頁程度)
              (3)研究論文リスト (もしあれば)
              (4)出来るだけ迅速に連絡を取れる本人の連絡先 (複数可)
              (5)本人に関して意見を述べられる方の氏名と連絡先 (二名以上)
  
    応募〆切：平成23年2月8日(火) 17:00 【必着】
  
  書類提出先：〒181-8588 三鷹市大沢2-21-1
              国立天文台天文シミュレーションプロジェクト 牧野淳一郎
             (応募書類封筒には「天文シミュレーションプロジェクト研究支援員
  応募」
              と明記すること。応募書類は原則として返却しない)
  
  問い合せ先：国立天文台天文シミュレーションプロジェクト 伊藤孝士
              E-mail: jinji2011@cfca.nao.ac.jp
              FAX:    0422-34-3829
             (問い合せを行う場合には「天文シミュレーションプロジェクト研究
  支援員
              応募の件」という旨を冒頭に明記すること)
  
    参考情報：http://www.cfca.nao.ac.jp/   (本プロジェクトのホームページ)
  
  個人情報の利用について：
              本募集に関連して提供された個人情報については選考の目的に限り
              利用する。選考終了後には選考を通過した者の情報を除き、全ての
              個人情報を本プロジェクトが責任を持って破棄する。
  

• 2011/1/13 13 財務ヒアリング
  天文台の組織硬直度を象徴する何か。
• 2011/1/13 14 ぷらっとホーム
  新年のご挨拶
• 2011/1/13 15 読売
• 書類を沢山生成する。というか、私が10行くらい書いたものを 10ページくらいに増幅してもらう。どもです。
• しかしなんだか色々疲れた。

• UM 2日め。平和である。

• 今日は CfCA UM 一日め。
• 論文というかレフェリーへの返事見る。論文もざっと見る。
• なんか P67 と H67 で(VGA の分をひいても)まだ 10-20W アイドルでの 消費電力が違ってる気が。
• 2011/1/11-12 CfCA UM(案)

• 休みのはずだが朝から三鷹にいって Piet と、東海岸にいる某君と 同じ画面をみながら irc で議論という謎な、、、
• で、その後は筑波からきた某君とやはり3人で議論。
• それから論文一つに赤いれたら夜中の1時になった。

• ドスパラでは GA-P67A-UD7が注文可能。
• というわけで秋葉に。結局 nF200 付きで今日でたのは Gigabyte のだけ。ついでに安藤さんの新しい本を導入。
• 2600 は Vcore=0.95V で 3GHz で問題なく回る(HT off, Turbo off)。 1.3V なら 4GHz より上でも大丈夫そうだが、電力は 1.6 倍くらいに。
• STREAM (SSE2, 4 core OpenMP) の結果。マザーは Gigabyte の GA-P67A-UD7、 メモリは 1600MHz。

  Function      Rate (MB/s)   RMS time     Min time     Max time
  Copy:       21615.8801       0.0380       0.0379       0.0385
  Scale:      24233.1780       0.0338       0.0338       0.0339
  Add:        21737.8646       0.0566       0.0565       0.0567
  Triad:      21779.5689       0.0565       0.0564       0.0566
  

• メモリクロックを上げるとほぼ比例して STREAM の値が上がる。なんだかすごい、、、
• EIST on にするとIdle 時にクロックは 1600MHz まで下がるんだけど、 電力は EIST off で 3GHz のままの時と変わらない。どういう仕掛けなんだろ う？
• HT も TurboBoost も使わないし HD Graphics も使わないので i5 の安 いのを買っても同じなのかな？
• ま、とりあえず今日はここまで。
• 集録早く書けメイルがきているような気がする、、、

• 休養日。というか、G5 互換ライブラリの拡張仕様を定義。

• Green 500。3(4)位以下が元に戻っている。1/1 に更新したのね。
• RR2760。左下の4個目のSASインターフェースチップは、、、というか、これ型番が 2782 と書いてあるような。で、そんな製品は存在しないと。
• 2011/1/7 13-16 理論専門委員会予定

• Intel, AMD の GPU 統合チップは、来週でる Sandy Bridge や既に発表 があった Zacate がそうであるようにコア数は少なく、また当面内蔵 GPU は 「おまけ」程度で、演算能力がハイエンド CPU とあまり変わらない。消費電力 は特に Zacate では低いことになっている。メモリも1チャネルだしね。
• これは、統合するのでメモリバンド幅は普通の CPU と同じなので、メモ リバンド幅リミテッドなグラフィック性能は GPU 部分を大きくしても高くで きないからと思われる。
• この制約を回避する方法は多分1つしかなくて、グラフィック用の DRAM を3次元実装することになる。大きな主記憶とは別に、数GB程度のメモリを 3次元実装する。とはいえ、発熱を考えるとハイパワーのCPU/GPU の上にメモ リなんかを載せられるわけはないので、どうするんだろう？
• メモリを下にすると今度は電源がとれないから多分無理。まあ、でも、 何とかしたとして、結局 TSV 技術がある程度標準化されないと、、、と いうのが難しいところ。
• さて、ここで問題にしたいのは、こういう状況下で HPC 用プロセッサを 独自開発する意味はあるか？ということ。でも、結局それは、ダイ面積当り や電力あたりの性能で差がでるか？ということ。Zacate は 75mmsq で 80SPであり、HD6970 の大体 1/20、倍精度演算性能としてはそうすると 30Gflops 程度、TDP 18W、システム全体を 30W で動かせたとしてやっと 1Gflops/W である。
• GPU クロックが低いらしいという話もあるので、そうすると 20Gflops くらい。ということは、実は電力性能では、40nm と 32nm の差はあるにせよ Sandy Bridge の CPU 部分だけに比べてかなり悪い。
• これは当たり前で、元々 Cypress や Cayman の電力あたり性能が SB の倍くらいしかないのに、CPU と統合するとそっちがすごく電気を食うの で SB 並に落ちてしまう。
• それなら Intel の統合GPU はよいか？というと、ダイ写真を 見れば気合いのなさがわかるわけで GPU のサイズが小さく、演算器の数も あまりないと想像される。つまり、こっちも数値計算には役に立たない。
• Intel のほうは統合 GPU が Xeon や Knight Corner のマーケットを食べ てしまっては困るし、そもそもCPU と(Intel が作れる)GPU コアの電力性能や 面積性能の差があまりなさそう。なので、統合GPUに気合いをいれるわけにはい かない。
• つまりは、統合GPUでもなんでも、結局1世代プロセスが進んでいる Intel の CPU と大差ない(どうかすると悪い)電力あたり性能になる、という こと。Intel の CPU に比べて優位になるものなら開発する価値はある。
• まあ、しかし、結局「計算機を使う、計算機の技術を使う」のどっち？という話で、近田さんが22年前にいったこと。なにも変わってませんわね。

• 論文あと一つ処理、、、しないといけない、、、

• 論文2つ処理。でもあと一つあるような気が。2つかも。
• GPU の行列乗算に使う時の問題って、レジスタの総ワード数はものす ごく沢山あるのにそれを全体として大きな行列を格納するのに使えないこと だと思う。なので、メモリバンド幅もレジスタも無駄が多いわけで。

• 昨年年末から放置していたメイル処理。これから論文処理。エディタ 仕事、レフェリー、それから2本くらいみないと。
• Sandy Bridge の評価記事が一杯。旧i5に比べた電力削減がすごい、、、
• レフェリーは処理。日本人でなくてもなんだかアレな英語というのはあ るの、、、
• エディタ仕事も一応処理。
• 論文1つ処理。したのにあと2つだ、、、

• 冬休みの宿題的なにか、、、そういえばデータ転送にアレな問題が あったんだった、、、

• 1310606
• あけましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。
• 計算生命科学研究センター設立準備室のアシスタント求人

  応募資格  ■専門、短大、4大卒以上
            ■ビジネスレベル（書く・話す・聞く・読む）の英語力がある方
            ※1年以上の留学経験あるいは英語を使う職場環境での業務経験があれば尚良し。
            ■基本的なPC操作（Word、Excel、メール）ができる方
            ※ホームページ作成ソフト及びPowerPointの使用経験があれば尚良し。
  
            ◎ビジネスレベルでコミュニケーションのできる英語力がある方を求めています。
  給与    年俸制2,232,000円〜（月額186,000円〜）
          ※経験・能力を考慮の上、優遇します。
          ※1年ごとの契約更新となります。
  

  非常勤の事務職員にまともな給料出せるのはいいよな、、、

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