つっても、非公開のを別につけているわけではない。
Copyright 1999- Jun Makino
2006/05 2006/04 2006/03 2006/02 2006/01当面の予定
早稲田大学理工学術院の松本和子教授が国の研究費を不正受給していた問題で、文部科学省は26日、今年度に同大に交付する予定の科学技術振興調整費約13 億円の全額を凍結する方針を決めた。また文科省は同日、早大本部(東京・新宿)を立ち入り調査したほか、省内に対策チームを発足させ、研究費の不正利用防止策について検討を開始した。なんだ、振興調整費だけか。大体、今年度の予算なのに
同省によると、科学技術振興調整費は通常、7月中旬以降に支払われる。ってなに?っていうか、そんなに早かったっけ?
まあ、何年たっても、 GRAPE は O(N2) の計算しかできなくてツ リーコードより遅い、というたぐいのデマを関係者がいないところでは流す人 がいるのと同じですね。ちょっと工夫されているのは「天文では良い」「生体 分子では駄目」という新しいパターンを発明したところでしょう。
書いた本人は多分本当にそう信じこんでいるんだろうし。昔「日本のスパコン がどんなのか知らないけど、 Crayのがいいに決まってる」という主張をする 人がアメリカには山ほどいたのが思い出される。今は逆に日本のスパコンは Cray とかよりいいに決まってる、という人が日本に一杯いるわけだ。時代は 変わり、人の意識も(15-20年遅れくらいで)変わるものである。位相が逆転し ている気もするけど。
岡本君ごめんなさい
> ベンチマークだけはやたらと早い(が、実際に使ってみると今一つ…)というならともかく、暇な人はこの文章のなかで、ひどく間違っていない言明を捜してみましょう。 まあ、その、
その辺はかなり微妙な問題を含んでいると認識しているのですが……。条件によってはFLOPS!=実演算速度なんですよこれ。
GRAPEの基本アルゴリズムは力場の計算にO(N^2)のアルゴリズムを使用しています。
天体計算の場合には同じアーキテクチャでもO(N log N)やO(N)のアルゴリズムを利用でき、GRAPEのトップ性能をほぼ引き出して計算を行うことが可能です。というわけで天体計算には、このFLOPS数はほぼそのまま計算速度と取って良い。
それに対して、生体分子の場合には若干事情が異なります。
・天体より粒子数が多い。水ありだとN>50000とかよくある。
・天体と異なり密な系である。TreecodeでO(N log N)になりにくい。結果O(N^2)を使わざるを得ない。
・生体分子のシミュレーションに良く用いられる周期境界条件がGRAPE向きでない。GRAPEはEwaldをサポートしているが、トップスピードは出ない。条件を注意深く設定しないとクラスタに負ける(MDGRAPE-2の頃)。
・というか周期境界条件をまともな計算誤差で計算してベンチマークを取った例が無い(!)。
周期境界条件に関しては特に大きな問題で、GRAPEではより高度な(オーダーレベルで速くなる)アルゴリズムが使えないor使いにくい、という問題があります。まぁこれは並列度を上げるにはある程度仕方がないんですが……。
だからこのボードが「生体分子MDに」とか書かれると正直「?」という感じです。そもそも生体分子に限らず、FLOPS数だけを書いて分子動力学にも使える、とするのはだいぶミスリーディングです。
#FLOPS数の定義は浮動小数演算の回数ですから、この数字はオーダーに関係なく高くなるわけで。
で、思うのが、
・正直天体計算に特化しすぎている。生体分子にもう少し合わせたシステムを考えて欲しい。
・FLOPS表示で宣伝をするのは良いけど、実際の計算条件は制限が多いことを隠しているのは困る。怖くて手が出せない。
GRAPEシリーズの研究者は良くやっていると思うし、素晴らしい技術であると思うんですが、分子動力学や生体分子固有の問題にもう少し目を向けて欲しいなぁ、と。
もちろん、条件を限って使えばGRAPEは素晴らしいシステムだと思います。特に周期境界条件を考えなくて良い系には最適でしょう。
#この世界で生きていけなくなりそうなのでAC
#識者の方ツッコミお願いします
天体より粒子数が多い。水ありだとN>50000とかよくある。という時点で天文シミュレーションのことは全くなにも知らない、ということ は明らかで、その前後の中身も全て間違っている、、、
#diff -C1 .config-2005-3-25 .config *** .config-2005-3-25 2005-03-25 12:00:55.000000000 +0900 --- .config 2006-06-18 21:12:32.000000000 +0900 *************** *** 3,5 **** # Linux kernel version: 2.6.11.5 ! # Fri Mar 25 12:00:55 2005 # --- 3,5 ---- # Linux kernel version: 2.6.11.5 ! # Sun Jun 18 21:12:32 2006 # *************** *** 23,25 **** CONFIG_CLEAN_COMPILE=y ! CONFIG_BROKEN_ON_SMP=y --- 23,25 ---- CONFIG_CLEAN_COMPILE=y ! CONFIG_LOCK_KERNEL=y *************** *** 65,66 **** --- 65,67 ---- CONFIG_KMOD=y + CONFIG_STOP_MACHINE=y *************** *** 82,86 **** CONFIG_MTRR=y ! # CONFIG_SMP is not set # CONFIG_PREEMPT is not set # CONFIG_NUMA is not set CONFIG_GART_IOMMU=y --- 83,92 ---- CONFIG_MTRR=y ! CONFIG_SMP=y # CONFIG_PREEMPT is not set + # CONFIG_SCHED_SMT is not set + # CONFIG_K8_NUMA is not set + # CONFIG_NUMA_EMU is not set # CONFIG_NUMA is not set + CONFIG_HAVE_DEC_LOCK=y + CONFIG_NR_CPUS=8 CONFIG_GART_IOMMU=y *************** *** 394,396 **** CONFIG_BLK_DEV_3W_XXXX_RAID=m ! # CONFIG_SCSI_3W_9XXX is not set # CONFIG_SCSI_ACARD is not set --- 400,402 ---- CONFIG_BLK_DEV_3W_XXXX_RAID=m ! CONFIG_SCSI_3W_9XXX=y # CONFIG_SCSI_ACARD is not set *************** *** 824,826 **** # - CONFIG_IRPORT_SIR=m --- 830,831 ---- *************** *** 829,831 **** # - # CONFIG_DONGLE_OLD is not set --- 834,835 ---- *************** *** 1112,1114 **** CONFIG_SERIAL_NONSTANDARD=y - # CONFIG_COMPUTONE is not set CONFIG_ROCKETPORT=m --- 1116,1117 ---- *************** *** 1116,1120 **** # CONFIG_CYZ_INTR is not set - # CONFIG_DIGIEPCA is not set - CONFIG_DIGI=m - CONFIG_MOXA_INTELLIO=m CONFIG_MOXA_SMARTIO=m --- 1119,1120 ---- *************** *** 1124,1133 **** CONFIG_N_HDLC=m - CONFIG_RISCOM8=m - CONFIG_SPECIALIX=m - CONFIG_SPECIALIX_RTSCTS=y - CONFIG_SX=m - # CONFIG_RIO is not set CONFIG_STALDRV=y - CONFIG_STALLION=m - CONFIG_ISTALLION=m --- 1124,1126 ---- *************** *** 1211,1213 **** # - # CONFIG_FTAPE is not set CONFIG_AGP=y --- 1204,1205 ---- *************** *** 1585,1587 **** CONFIG_USB_SERIAL_BELKIN=m - CONFIG_USB_SERIAL_WHITEHEAT=m CONFIG_USB_SERIAL_DIGI_ACCELEPORT=m --- 1577,1578 ---- *************** *** 1858,1860 **** # CONFIG_DEBUG_FS is not set - CONFIG_CHECKING=y CONFIG_INIT_DEBUG=y --- 1849,1850 ----なんか変更した憶えがないものが一杯変わってる気が、、、まあ、いいか。
cat /proc/mdstat Personalities : [linear] [raid0] [raid1] [raid5] [faulty] md0 : active raid5 sdc1[2] sdb1[1] sda1[0] 973538816 blocks level 5, 32k chunk, algorithm 2 [3/3] [UUU] [===============>.....] resync = 76.2% (370998016/486769408) finish=43.8min speed=44032K/sec unused devices:こんな感じ。速い速い。わーい。こっちに8台か、もうちょっとか、つけてみ よう。
早稲田大理工学部の教授が国から受けた研究費2000万円あまりを不正使用した疑いなどを指摘する告発文が、文部科学省所管の独立行政法人「科学技術振興機構」や同大学に寄せられていたことが14日、分かった。大学は4月に調査委員会(委員長・村岡洋一・同大研究推進担当常任理事)を設置して本格的な調査を始め、文科省も大学に調査を指示した。内部告白ですか。皆様気をつけましょう。何にって、悪いことしないように。 村岡先生とかが引っ張りだされるんだ。ご苦労さまなことで。
理系人間は「まずは結論ありき」だと思いますが、文系人間は「議論をつくして結論を出すべきで、最初から結論があるのはおかしい」ということなのかもしれません。ほえ?
そのまま HPC で使うにはまだ桁で速度足りないしね、、、
もちろん、問題の状況を正確に説明できないのは、問題を見くびった結果ではないかもしれない。たぶん、問題について語った人々は、何が誤っているのかを完全には理解していないのだ。いずれにせよ、大勢のIT管理者は、その地位を受け入れた後になって、組織の問題が最初に聞いたときより深刻であることに気が付く。職場にやってきた後で深刻な問題が姿を現すと、管理の仕事は難しくなり、失敗のリスクは増える。よって、組織が新しい管理者を求める理由を深く追求することは、雇用される前にやるべき健全な戦略だ。すでに手遅れである。
ある言動がセクシュアル・ハラスメントにあたるかどうかは,あくまでも相手の受けとめ方(「不快」と感じるかどうか)によるのであって,その言動を行う者の感覚で判断されるものではないというような主張がなされていて、さらにそれがアカデミック・ハラスメント とかパワー・ハラスメントとかにも敷衍される。しかし、これはそのままでは 判断基準にも行動規範にもなりえない主張であることはほぼ明らかである。相 手がどう受け止めるかを完全に知ることができるわけではないし、不快に思う ことは全てハラスメントである、とかになると例えば低い成績をつけるとか学 生が書いてきた論文原稿に文句をつけるとかセミナーで意見をいうとかだって 学生が不快になる可能性はあるわけで全部パワーハラスメントでありえる、という ことになってしまう。また、例えば男性または女性の服装によって女性または 男性が性的な不快感を感じたとすると、それはそのような服装をしてきた男性 または女性がセクハラをした、ということに上の主張からはなる。ついでに、 こういう主張もあるようで、こっちのほうが論理的な気はする:
相手による差別:よく好意のある男性に軽いタッチをされても不快ではないからセクハラにならないけど、あまり好きでない男性からのタッチはセクハラになるという説があります。しかし、それはプライベートで表現すべき問題であって、オフィスでそれを認めてしまうと何がセクハラになるかという点において大変紛らわしくなり職場の空気も悪くなります。また、このような差別を露骨に表現すること自体がセクハラであると考えられます。 したがって、ひとつの職場において「AさんがするのはOK」でも「Bさ んがするのはセクハラ」といった矛盾するメッセージを発することは認められ るべきではありません。管理者はそのような状況を許してはいけません。Bさ んがやったらセクハラといわれる行為は、Aさんやほかの人がやった場合でも 同じように禁止するべきです。出典はこちら
新聞の原則で、掲載前に記事全体をお見せすることはできません。なんだそうな。で、別に全体でなければ見せるかというとそうでもなかっ たから、朝日の科学記事が妙に信頼性が低いのはそういう原則のせいではないかと思う。 共同通信は配信前に見せてくれた気が。読売とかは記憶がない。