牧野の公開用日誌

つっても、非公開のを別につけているわけではない。

Copyright 1999- Jun Makino

• 2006/10/xx UPn 〆切 仮題「重力多体系と専用計算機」
• 2018/11/1 8:50 実験実習の基礎II 5回目
• 2018/11/2 10 システム検討会
• 2018/11/2 ヘテロジニアス運営会議@遺伝研
• 2018/11/5 10 R-CCS 有識者なにか@多分東京
• 2018/11/5 13 FS進捗ミーティング
• 2018/11/5 15 PR 定例
• 2018/11/5 17 ESPM2 発表練習
• 2018/11/6 10:40 宇宙惑星科学I 6回目
• 2018/11/6 14 来客
• 2018/11/6 15-16 FS2020 システム検討会
• 2018/11/6 16 定例検討会
• 2018/11/7 12? 昼 河野さん歓迎会
• 2018/11/7 13 チーム定例
• 2018/11/7 15 学生定例
• 2018/11/7 17:30 APR定例
• 2018/11/8 8:50 実験実習の基礎II 6回目?
• 2018/11/8 10:30 PI会議 あ、講義だ。
• 2018/11/8 16 PE
• 2018/11/9 13 大学院博士前期課程入試(II期)
• 2018/11/9 専攻会議 8から変更
• 2018/11/13 12:15-1:15 (EST) SC18 BoF
• 2018/11/13 10:40 宇宙惑星科学I 休講予定
• 2018/11/13 15 Springer 何か
• 2018/11/15 8:50 実験実習の基礎II 休講予定
• 2018/11/16 10 光格子時計何か
• 2018/11/16 13:20〜16:00 教授会
• 2018/11/19 10 FS進捗ミーティング
• 2018/11/19 15 PR 定例
• 2018/11/19 19 SI9B同窓会
• 2018/11/20 予備日(通常の講義はなし)
• 2018/11/20 午後 Alchip 大原さん(仮)
• 2018/11/20 14-16:30 何か？
• 2018/11/21 10 セミナー
• 2018/11/21 13 チーム定例
• 2018/11/21 15:00 なにか (15:30 から変更)
• 2018/11/21 17:30 APR 定例
• 2018/11/21 予備日(通常の講義はなし)
• 2018/11/22-30 3Q 試験期間
• 2018/11/26 10 進捗管理ミーティング？
• 2018/11/26 15 PR 定例
• 2018/11/28 10 セミナー
• 2018/11/28 13 チーム定例
• 2018/11/28 15 学生 定例
• 2018/11/28 17:30 APR 定例
• 2018/11/28 Netz 兵庫
• 2018/11/29 試験の予備日(通常の講義はなし)
• 2018/11/30 神戸大学博士後期入試(仮)
• 2018/12/3 10 進捗管理ミーティング？
• 2018/12/4 12:20 専攻会議
• 2018/12/5 15 PR 定例
• 2018/12/5 10 セミナー
• 2018/12/5 13 チーム定例
• 2018/12/5 15 学生 定例
• 2018/12/5 17:30 APR 定例
• 2018/12/6 10 来客
• 2018/12/7 10:30 PI会議
• 2018/12/7 17:45 CPS 忘年会
• 2018/12/8 神戸大学何か
• 2018/12/10 12:20 専攻会議(学科会議) これもある
• 2018/12/11 戎崎さんなにか
• 2018/12/14 13:20〜16:00 教授会
• 2018/12/14 18:30 理学部親和会忘年会
• 2018/12/18-20 衝突研究会(荒川さん)
• 2018/12/17-21 The MIDAS Meeting 2018
• 2018/12/28 13 私用
• 2019/1/8 午後 CPS なにか
• 2019/1/9-10 重点9何か会議
• 2019/1/10 専攻会議
• 2019/1/10 4限 高度教養セミナー理学部惑星学入門 計算惑星学分
• 2019/1/11 10:30 PI会議
• 2019/01/17 RIMS 専門委員会はここといわれた気が
• 2019/01/18 ヘテロジニアス運営会議@KEK
• 2019/01/25 13:20〜16:00 教授会
• 2019/2/1 10:30 PI会議
• 2019/2/5 専攻会議
• 2019/2/13 専攻会議
• 2019/02/15 13:20〜16:00 教授会
• 2019/02/15 13:30- 県市COE成果発表会、、、
• 2019/02/22 10:30-16 東京で何か
• 2019/3/1 10:30 PI会議
• 2019/3/4 ヘテロジニアス運営会議@和光
• 2019/3/6 専攻会議
• 2019/03/06 13:20〜16:00 教授会
• 2019/03/19 13:20〜16:00 教授会

• 月曜 10 4TL
• 月曜 5限 教職地学 10/15,22,29
• 火曜 10:40 3年3Q 「宇宙惑星科学」講義(中村さんと分担)Y101
• 火曜2Q 4限 惑星学基礎Ⅲ
• 火曜 16:30 CPS 定例
• 水曜 午前(原則)研究室セミナー@115(内部ページ)
• 水曜 13-15 コデザインチーム定例
• 水曜 15 神戸大B4定例
• 水曜 18:30 APR 定例
• 木曜 2Q2限 惑星学Ａ
• 木曜:惑星学初年次セミナー(第1Q木4) 牧野がいないといけないのは 5/11
• 木曜4Q 1-2限 惑星学実験実習の基礎Ⅱ
• 木曜:専攻会議 12:20 (月に一度)
• 木曜: 17 Long
• 金曜 10 RF 重点アプリケーション
• 金曜2Q2限惑星学基礎III演習
• 理研 TL 会議
• 理研 進捗ミーティング
• 月例AICS報告会

地震・原発関係リンク

2018/11/18

• HP Pavilion 15、HP用90W の電源で動くんだけど、なんかおかしいと思っ たらクロックが 800MHz 固定になっていた。ちゃんと安全側にふってある素晴 らしい作りだと日記には書いておこう。
• バッテリー駆動だと 3.8GHz まで上がるんだけど。
• 渋谷のヤマダ電機にいったら低温調理器が店頭販売されていたんだけど、 ギンザオリーバル スーヴィードクッカーという、ギンザとかついてるから国 内で企画した製品っぽく、無駄なオートプログラムとかついてて ブルーツースとかはないものであった。
• でもって本家 ANOVA より高い。
• 日本の家電業界の没落がこういうところにも現れるということかしら。
• パンフレットに「家庭版真空調理の第一人者」なる謎表現が。
• 株式会社日本真空調理推進会というものがあるのか。ここでは低温調理器自体は売ってない。
• Hermite integrator for high-order mesh-free schemes。PASJ アクセプト済。
• 空間高次の粒子法である CPHSF 法で、折角高次の MLS 近似を作ってる から空間の高階導関数も計算してそれから微分方程式の時間高階導関数を計算 してエルミート公式使いましょう、という論文。
• ルンゲクッタとかと違って導関数の計算1ステップに1回でいいので、4次 のRKに比べて4倍とまではいかなくても(同じ時間誤差だとちょっとタイムステッ プ短いので)2-3倍は速くなる。
• あと、通信回数へるので並列化には有利。
• そういえば、エルミート補間に対してガウス型積分公式みたいな、分点 の数(の2倍)より次数が高い積分公式ってないのかしら？
• 直交性がないから駄目？

• 「人の税金で大学に」　麻生太郎氏が東大出身者批判
• 引用:麻生太郎副総理兼財務相は１７日、福岡市長選の応援のために訪れた同市内で街頭演説し、東大卒の北橋健治北九州市長を「人の税金を使って学校に行った」と批判した。安倍政権は、大学の財源の多様化を進めるべきだとの方針を示している。
• これはつまり公教育というものの否定を財務相が主張しているということなんだろう。戦前でも帝国大学はあるわけでそういうのも否定、公立小学校ももちろん否定。近代国家自体の否定に近いのではないか。

• さくらの VPS、いつのまにかディスク容量増やせるようになっていた。去年の3月からの模様。大変素晴らしい。

• スパコン京が８期連続世界１位　ビッグデータ処理
• まあ一昨日の Erich のプレゼンでは Graph500 はかなりそのかなりであった。
• 引用:このほか、京は、産業利用などに向けた処理速度ランキング「ＨＰＣＧ」で３位、計算速度を競う「トップ５００」では１８位だった。
• HPCG は「産業利用などに向けた処理速度ランキング」では全然ないというのは家元の見解でもあるし専門家の間では国際的に合意が得られていると思うんだけど誰がこういうことをマスコミにいってるのかしら。
• 理化学研究所 富士通株式会社 「京」が性能指標(HPCG)で世界第1位を獲得 －産業利用など実際のアプリケーションにおける高い性能を証明－
• あー、理研と富士通ですか。

• というわけで今年のSCは私的には昨日でおしまい。帰国します。
• 昨日の話の続き。
• 理論上はそういうわけで力学コアだけというかただの陽解法流体コード なら B/F=0.04 くらいですむようにコード書けるはずなんだけど、実際には 全然そうなってなくて B/F=0.5 くらいの「京」でも理論ピークの 10% くらい しかでない。
• 私の意見としてはこれは現代の計算(機)科学の敗北であって、なんかもうちょっとまともな性能がでるようなアーキテクチャとミドルウェアがあるべきなんだけどまあ普通のプロセッサはもうそういうのは無理そうである。
• で、メモリ階層が浅くて、できればキャッシュでないソフトウェア制御のシステムなら、コード書くの面倒だけど性能出すのは難しくない。なので、まあ、そういうのにいく、というのが本来の解ではあった。まあ15年くらい前から。
• 帰りの機材は JAL 運用の787-9。何故か座席のACコンセントが使えなくて結構ピンチ。
• 人呼んでなんかしてもらったら電気きた。なんだったんだろう？
• 4年くらい前に某資料用に適当に書いた外挿で、x86 は 2017年に 10nm で 1.2TF/ソケット、18-19年に 2.4TF、と書いたんだけど、うむ、 大体あってる。AMDが 2.4に届くとは思ってなかったけど、、、
• これはもちろん××××は××××ではないかという話なんだけど。
• AMDの7nmプロセス「ZEN 2」CPUコアのマイクロアーキテクチャ拡張
• 256-bit FMA x 2 128-bit FADD x 2 となってるけどこれ全部パラで動く の？といっても動かないとFADD x 2 の意味ないか。
• 加算が乗算より多いと性能あげられるのこれ？
• Zen は始めからこれなのか。S810 以外であまり見たことない気が。

• My slides for BoF 107 today #SC18
• 会場が無駄に広いので12:15からは皆様是非こちら、D174にお越し下さい。
• Join our BoF Pros and Cons of HPCx benchmarks Today 12:15-13:15 D174 #SC18
• BoF は無事(?)終了。参加していただいた皆様ありがとうございます。
• そのあと人に会う約束すませて平木さんとこで充電。
• BoF の直前にノートPC床に落としたらI/Oエラーとかいいだしてあせったが、リブートしたら何事もないふりをして動いている。大丈夫かこいつ？
• Purpose-Built HPC: Last Hope for Earth System Prediction?
• というものにでてみているわけだが、、、
• なんかこう日本のほうが1万倍くらいちゃんとやってる感が。
• 気象コードに専用機とかいう前に、陽解法で性能でるようにしないといかんわね。
• というか、1kmメッシュのを業務予報に使うみたいな話で、そのためには24時間予報を7分半(なので200倍速)でシミュレーションを、といってました。
• 1km メッシュで時間刻み 1.5秒として(これくらい？)、7ミリ秒で1ステッ プ回せばいいわけで、高さ方向200で2e11メッシュ、2000演算として4e14演算、 演算速度としては 60PF くらい。
• 実行効率5% くらいとして 1EF のマシンの話をしていることになる。
• 力学コアだけだと 1ステップあたり 80 バイトアクセスとかで2000演算 なので、B/F=0.04 (60PFに対して)で本来いいわけで、性能でてないのは 今日の BoF でいったように「何か別」の問題がアーキテクチャとスキームの どこか(複合かも)にあるわけではある。

• Green500 三連覇おめでとうございます!＞関係者の皆様。
• 今回 Level 3 計測とのことでそれも素晴らしい。
• たなこふ先生発表スタート。
• 発表無事終了。お疲れさまでした!!
• たなこふ先生の発表は これ
• 暁光で SC2 8000 チップで陽解法流体コードを動かして効率 21.5% でま した、というもの。コードは temporal blocking するものを微分方程式の記 述と差分スキームの記述から自動生成する、拡張された Formura によるもの。
• 拡張というのは、元々の Formura は離散化したステンシルを入力に、と いう感じだったのが、今回のは微分方程式を数式微分してさらに離散化してと いう代物になっているため。
• 数式微分がいるのは、時間方向に4次(今回はPECになってる都合で実効3次)のエルミートスキームを使うからで、流体の方程式から密度とかの2階時間導関数を全て空間導関数であわらす式を(数式処理で)だして、それをさらに差分化している。
• 普通流体というと空間差分がなんであれ時間方向はみんな RK を使うわ けだけど、今回エルミートを使うのは、段数( stage 数。step 数じゃない)を 1にする、つまり、1ステップでの空間差分計算の回数を最小にするため。
• 何故最小にしたいかというと、そうすることでそもそもメモリバンド幅要求を小さくできるし、テンポラルブロッキングの効果も大きくできるから。
• 普通の、空間4次精度で4段ルンゲクッタだと演算数は2000くらいで、 今回のエルミートスキームでももうちょっと多いけど3000にはならないくらい。 で、メモリアクセスは1回しかしないようにできるし。
• 理論的にはテンポラルブロッキングの効果は差分スキームの幅(隣だけな ら1、隣の隣までなら2、、、と数えて)とステージ数の積に反比例するので、 普通の staggered grid の4点差分だとスキームの幅が3、4段なら積が12。
• 今回のスキームは幅2(コロケーショングリッドなので)幅2なので、テンポラルブロッキングの効果は6倍違う。
• その代わり差分スキーム自体は、ものすごく複雑で行数も計算量も多い けど、そこは自動生成なので。
• スキーム生成の部分と、もとの流体スキームの開発・検証は (村主君の仕事を引き継いで)石原君が進めたもので、SC2 にのせて動かして性 能出すのに成功したのがたなこふ先生のところ、という感じ。
• で、成果として重要なのは、実際にテンポラルブロッキングで高速化で きた、(まあ1.5倍くらいなんだけど)ということと、それにより B/F=0.03 の PEZY-SC2 で流体コードで実効効率 20% 以上を実現できた、ということ。
• まあ、これで、 B/F=0.01 とかそれ以下でもTB使えば陽解法数値流体はできる、という ことになるわけで、将来の方向を示した、といえるのではないかと。
• なお、今回のスキームは人工粘性が必要で、リーマンソルバではないので、 衝撃波捕獲の精度には限界はある。でも音速制限法とか使って亜音速の流れを扱うには十分。
• ちなみに、流体にエルミート法使うのは山本さんの CPHSF(高次精度粒子法)で先にやっていた話で、こちらは論文アクセプトが今日きたので近日公開予定。こちらは数式処理ではなくて人間が腕力で導出してたりして、、、
• 外が寒いのはいいけど会場が寒いってなに？君はそれでもアメリカなの？みたいな。夏は長袖が必要なほど寒く、冬はTシャツでも暑いのがアメリカじゃないの？
• というわけで午後はホテルに帰って寝てました。風邪はひいてないと思うけど微妙に不調。
• まあでも Top500 で日本は7位というのを見るとどうしてこうなった感はあるわね。
• TCI 作りますで予算もらってスパコン作ったから詐欺だというのはそうなんだけど、通常技術で画期的スパコン作りますではどんな素晴らしい計画でも予算つけなかった側には責任はないのかねという気もする。
• 予算出す側がまっとうな技術より魔法を求めるようになった結果ではないかと。で、魔法ではない成果をだしたら魔法じゃないから詐欺だということになったと。
• いや、詐欺じゃないとはいってないので念のため。
• あとまあ、3月にはまだ魔法じゃないほうもできてなかったのではということもある。でもこれは遅れたという話で、そういう計画変更をNEDOが認めないのは問題というか認めないなら六ケ所村とかすみやかに止めてみろみたいな。
• まあ蓮舫氏の発言に批判があるとすれば、あんだけお金使って10PFしかいかないのを問題にすべきでポイントが根本から間違ってる、ということであるというのは当時からの私の主張である。
• というのに関係なくもない話を 明日するのでダラスで時間がある方はどぞ。

• New presenters for SC18 Bof 107 Pros and Cons of HPCx benchmarks: We now have Erich Strohmaier and Walter Lioen #SC18
• というわけで BoF 107 で何が起こるかは私にも全くわかりません。まだ用意なにもしてないし。
• とりあえずなんか防寒着が必要なわけだがダウンタウンエリアにはそういうものが買える店がないので SC18 の記念品ショップでプルオーバーを買う。暖そうではある。
• で、明後日なに話すか考えないと。

• 今回伊丹から成田経由。とりあえず伊丹でチェックインに成功してESTAもチェックしたみたいで成田からのボーディングパスもでた。
• 伊丹のJALの自動チェックイン機は中身が HP の Win7pro であった。で、番号いれたら受付拒否されて人のほうに並ぶことに。
• 成田のゲートで山田先生、タナコフ先生、青先生を確認。
• 電源あった。
• 何かなんのトラブルもなくとりあえず皆様で会場にいって、まだレジストもあいてないのでホテルに。午前中だがチェックインできてラッキー。
• Intel announces Cascade Lake-AP MCM
• 引用:Linpack and Stream are both trivial benchmarks that measure one bit of the system and can essentially run without stressing any other part of the device. Linpack basically measures raw number crunching and is not affected by bandwidth, cache, or much else on a system. What Linpack says is that Intel has more ALUs that AMD but nothing about whether it can use them in the real world. We knew this, the AVX implementations is some Skylake/Purley/Cascade parts are twice as wide as AMD’s Naples but in the real world they are not twice as fast. Except for some very specific and non-representative benchmarks. Guess what Intel chose here, and guess what they avoided?
• 引用:The same goes for Stream Triad, it measures memory bandwidth and that’s it. AMD showed Epyc crushing Broadwell-EP at launch in 2016 because it had eight memory channels vs Intel’s four. Cascade-AP has 12 channels vs AMD’s eight so it should be 1.5x faster, the benchmark is nearly linear in performance scaling. It gets 1.3x though, remember what we said about interconnects above? I’ll bet Intel wants you to forget this slide right about now.
• まあそうでもないとはいえ1ノードレベルではそういう面が高いわね。

• 今日は修士入学試験(2回め)。無事終了。
• で明日の早朝出発なの？私ブートできる気が全くしない。

• 午前は講義+演習。
• ESTA の申請をする。ポイントはもちろん名前とパスポート番号を間違えないことである。間違えることが可能であることが過去に証明されてるし。
• とかいって間違えてたりして。
• FDPS 5.0リリースしました。C言語APIとN体+SPHサンプルコードの追加が主要な変更です。
• C言語インターフェースがあるので、C言語の関数を呼び出せる言語からなら なんでも FDPS が使えるようになります。C側から呼び出せるなら相互作用関数もお好みの言語で。
• なので、Cの他、原理的には Ruby からでも Python からでも Julia か らでも FDPS 使えるはず。C言語のプロトタイプ宣言は生成されるのでそのヘッダファイルからお好きな言語のインターフェースを作って下さいな。
• これは主に行方君の偉大な貢献によるものですが、Fortran インターフェー スを作ってみたらこれは要するに C 言語レベルのインターフェースだから C FFI がある言語ならなんでも呼べるよね、ということで開発することにしたものです。

• 今日のセミナーは小南さん、長谷川さん、斎藤さん
• 何故か BoF 107 の講師陣がどんどん豪華に。今日明日にはアップデートして公開します。
• 絶滅は2010年代というか2010年前後か。Cray vector, Cell, IBM Power, BlueGene, SGI Altix あたり。図にそもそもでてこないが IA64も。
• Cascade Lake Xeon
• 8180 に比べて Linpack 1.21倍で Deep Learning Infereance up to 17x versus Intel Xeon Platinum processor at launch.
• 17倍になったところで Volta の敵ではなさそうだが KNMの演算器のせましたとかかしら。

• 「LAMMPS LAMMPS ルルルルル」約 0 件
• そういうもの？
• 研究室にようこそ！　第1回 計算科学の世界No.17
• 何故かいきなり暁光での人工小脳である。

• 全部で4ページのものを最初の 1/3 書いたところで 3.5 ページある。やばい。
• 一応なんとか4ページになった。まだ色々できてない。
• 10個くらいのテキストファイルをまとめて色々置換するのに100万年ぶりくらいに shar 的なにかを使う。
• HP Pavilion Power 15, 電池の発注には成功した模様(ありがとうござい ます＞関係各位)だが15週(!)かかるとのことで、緊急避難のため HP用だが 90W の電源と、100V AC がでるモバイルバッテリーを導入した。とりあえず重いが動く。
• しかしこんな AC 出力ありのモバイルバッテリーで 100Wh 近くあって1万円くらいか。
• というかACなしなら3000円とかなのか。これ既にストレージパリティに到達してないか？
• とはいえ冷暖房に使う分は水に熱でたくわえるほうが安いのは間違いないわけで、そうすると低温タービンとかのほうが長期的には電池より得な気が。
• しかし、ものすごく雑にいうと Gflops の時代はベクトル、Tflops はス カラー、 Pflops はGPU他アクセラレータ、と言えなくもない。 Eflops は何か？という。
• これはつまりあるアーキテクチャは15年しかもたないということである。

• 自力でFortranからFDPSを使ってみる
• なんかすごい。
• 「ブラック・ラグーン 11でるんだって」「あの Fortran の」「そう、Fortran 感高いあれ」
• 極めて形式的な観点からは4つ作るべきファイルのうち3つ一応できたので大体終わったともいえるはずだが全然そういう気がしないというか終わってない。が、ちょっと休憩。
• 仕分け」雑感 9年前の私。
• 「おそらく、 Intel のこの状況に対する回答は Larrabee であり、それは NVIDIA の HPC マーケットへの夢が Fermi であるのと同様に失敗を運命付けられています。」と書いたわけだが、まあ Larrabee (Phi) が死んだのはそういうことである。
• Fermi というか NVIDIA が死んでないのは HPC ではないマーケットが発生したからというところ。

• 「君は要らない」とメールを送られ…日大を「解雇」された助教の嘆き
• 引用:Aさんによると、教授からの「ハラスメント」が始まったのは、Aさんが研究室に入って半年あまりが過ぎた頃だった。きっかけは、教授が作成した試験の問題だ。この試験の回答に対して、10人もの学生が「この答えはおかしいのではないか」と異議申し立てをしてきたという。
• 引用:その際、教授が不在だったため、Aさんが問題を確認したところ、確かに学生 らが言うように、その回答は疑問の余地の残るものだったという。そこで、A さんは独断で「この問題には解なし」とした。「それがすべての発端だった」 とAさんは語る。
• 引用:これに対して、教授は「あの問題は、医師国家試験の過去問と同様の問題。なんの欠陥もなかった」として激高したという。怒りの収まらない教授から、Aさんのもとに「辞表を書いて次の職場を探してください」とショートメールでメッセージが送られてきた。
• 何か謎なところでスイッチが入る人だったんだろうか。とはいえこういうのは一方だ けの話ではということもある。まあ某S先生のようにそちら側だけの主張をみてもどう考えてもそちらに問題があるということはある。
• C++11 には std:array というのがあるが相変わらずまともな多次元配列はないと。

• 今日は遺伝研に。
• 何か Fortran も動くようにするという御発言がなされたような気が。神の御言葉である。

• 11月である。
• 今日は午前中講義+演習。
• 第4回並列Fortranに関するシンポジウム 　　「並列Fortranの現状と展望」〜Pythonは味方なのか？〜 　　
• どうでしょうかね？
• 某社のカスタマーアンケート、それを送ってくることが満足度を下げてます、とお返事に書きたい気が。エクセルに記入しなさいとかだし。
• 「このアンケートについては、ウェブからの入力にする、分かっている情報（カスタマーの所属等）は入力済にするなど、最低限の簡素化をはかっていただければと思います。」とは書いた。
• 所属のはいった宛名が書いてあるメイルで個別に依頼がきてるのに書式には名前がはいってないのって技術力低い気がするよね。
• 国立大学の統合、文科省が検討状況を公表
• 岐大の名前は消えますかね。うーん。
• 我が山大学はどうなることやら。
• 眠いのは1限があるのに昨日夜中過ぎまで作文していたからで、まあもち自業自得ではある。

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